兩岸食品生技產業之發展各有所長，台灣的發展腳步較早，但大陸的市場較大，成本較便宜，吸引外商投資，產業競爭力逐步提升。大陸內需市場廣大，雖然部分技術比國際水準稍
低，但仍可以較低的價格與進口產品競爭，而且外商公司為接近市場，也紛紛在大陸獨資或合資設廠，其主要產品項目包括(一)氨基酸、有機酸、酸食品用酵素、澱粉糖等新型發酵
產品，(二)以發酵法生產的食品添加劑，例如鮮味劑(味精、擴散)、酸味劑(檸檬酸、乳酸)、甜味劑(糖醇)、增稠劑(黃原膠)、天然色素(紅麴色素)、防腐劑(乳酸鏈球菌素、麴酸)，(三)功能性保健食品基料－微生物多糖、低聚酸多元不飽和脂肪酸、微生態保健產品等，品目較台灣為多，市場逐步發展，產業快速汰弱存強，主要的挑戰來自進口產品的競爭。
大陸食品生技產業在過去工業微生物的研發基礎上，加上新生物技術之應用，最近幾年有相當的進步。在面對先進國家強大的競爭壓力之下，大陸食品生技產業最近幾年有下列變化，
除了關閉不具競爭力的工廠(例如部分紅麴工廠)，有的工廠仍可以較低的價格在市場上佔有一席之地(例如浙江天台山銀象生化工廠的乳酸菌太)，有的公司由國外引進技術(例如多數味精公司)，有的則與外資合作(例如無錫酉每 製劑廠與美國Genencor合資成立無錫傑能科生物工程；廣州味精食品廠與法國奧桑公司合資成立廣州奧桑有限公司)，有的外資生技食品公司則直接在大陸投資(例如Novo公司的天津酵素工廠)，呈現多樣並存的發展狀態。
台灣主要食品生技產品為味精及發酵乳，年產值都在新台幣五十億元左右，味精以外銷為主；發酵乳隨著國人健康意識之發展，最近年成長快速，但成長已趨緩和。且味精廠商因原料及環保問題，已部分外移，例如原味全公司即與大陸武漢味精廠合資成立武漢味全食品有限公司。
台灣食品生技產業因市場較小，原料、人工、土地昂貴，環保要求較高，發展空間較受限制，因此需以國際佈局因應，靈活地利用東南亞、大陸之資源，再加上台灣之部分技術優勢及國際貿易經驗，進行國際分工(例如味丹企業的味精工廠)，而以台灣為技術研發及營運中心，方能維持國際競爭力。致於以內銷為主的發酵乳產品，則不論濃稠發酵乳或稀釋發酵
乳，最近幾年快速成長，但是市場也逐漸飽和，業者逐漸轉向保健食品市場開發。