「健康」與「保健」已為全球最重要的食品消費趨勢，不論歐美、日本、臺灣、中國大陸或東南亞，廣義或狹義的保健食品，其已成為極具關注、高投入且具發展潛力的重點產業，巿場成長表現亮麗。今日臺灣保健食品產業或企業的競爭實力，能否透過與中國大陸的合作能量，搭建更紮實與寬廣的產業發展道路或商機，係本研究關心的重點議題。因此，本研究將從兩岸保健食品產業環境、價值鏈運作等角度，發現現況與差異，發掘兩岸保健食品產業合作空間與關鍵問題。研究發現：
1.兩岸保健食品產業合作的五大動因，包括：(1)走在趨勢；(2)注入活水；(3)掌握時機；(4)增加活力；(5)延伸文化。
2.兩岸保健食品產業合作，可創造的六大商機，包括：(1)產品創新力；(2)素材深耕力；(3)文化加值力；(4)拓展外銷；(5)布局全球；(6)增加國際合作機會。
3.中國大陸保健食品原料供應豐富、人口支撐的內需巿場可觀潛力，及政策具操作空間，是中國大陸保健食品產業的優勢基礎。雖目前面臨法規未確定，巿場混亂，與消費者對保健食品存在高度的信任危機等問題。但因產業屬朝陽產業，巿場發展可創造的空間仍大。今日中國大陸保健食品產業現存的問題，即是明日臺灣廠商可突破的商機。
4.臺灣紮實的產業鏈布建於產業中下游，上游僅微生物及部分特色農特產品素材端發展較為成熟。為加速產品深度及能量，增加下游客戶服務，除品牌培育外，新興的產業動力逐步向關鍵保健素材及客製化應用服務深化。
5.中國大陸的產業鏈布建分散於上中下游，但產業鏈中的價值活動較為鬆散，廠商品質與優勢能量差異性大。因具動植物原料優勢，上游素材原料的生產、萃取及量產等活動已成形，唯部分價值活動仍未完全開發或到位。保健素材應用端的價值服務多數未成形，僅外資廠商從事及運作。
6.建議未來兩岸保健食品產業的合作模式，有二：(1)從獨特性素材開發著手布建新產業鏈；憑藉臺灣技術優勢、整合實力及產學研研究能量，透過中國大陸的原料、巿場優勢，共同爭取中華獨特素材的國際地位與空間，為兩岸產業注入正面的力量。合作效益雖非立即可顯現，但卻有機會布局全球。(2)從品牌及代工服務著手擴大巿場空間；但投入品牌，注意需有豐厚的資金支援；投入代工，重借重全方位服務展現差異；蓄積實力，成為後續品牌發展奠基。
7.兩岸產業合作除存在雙方法律規範等執行面障礙，待克服外，亦有歐美日廠商的競逐壓力。後續精實臺灣競爭實力，保持合作吸引力，引導兩岸趨勢發展，臺灣保健食品產業才能真正透過合作，贏在未來。