「2020應用生技產業年鑑」全書架構分為「全球產業環境觀察篇」、「臺灣產業環境觀察篇」及「未來展望篇」三大部份，研究時間範圍為2019年至2020年3月，分別針對應用生技產業各次產業在全球及我國之整體環境、產業發展現況與未來發展趨勢等面向進行深入研究與剖析，並配合國內外重大事件與議題對產業之影響，綜整國內外應用生技產業發展現況與趨勢變化，從而導出我國應用生技產業未來之機會、挑戰及發展策略建議。
「全球產業環境觀察篇」內容包含全球應用生技產業總覽與全球應用生技產業個論；在全球產業總覽部分包含全球應用生技產業重大事件與產業概況，藉由回顧2019年全球應用生技產業重大事件及全球經濟概況對產業之影響，並預估2020年之經濟環境發展情形，進而歸納產業趨勢走向。在全球應用生技產業個論方面，分別針對再生醫療、生技製藥服務業、食品生技、農業生技、生技特化及環保生技等六個次產業，說明2019年全球的產業發展現況與趨勢，內容包括政策／法規動態、市場概況、主要廠商發展動向分析、產品／技術／服務現況與分析等，期待由全球產業走向與領導廠商的發展模式中，尋找出我國產業可借鏡的發展因應策略，以作為國內政策規劃及廠商布局海外市場的參考。
「臺灣產業環境觀察篇」內容包括臺灣應用生技產業總覽與臺灣應用生技產業個論，針對2019年我國應用生技產業重大事件對產業之影響及整體應用生技產業之產業環境、產值、進出口、廠商現況、資本市場等進行分析探討，讓讀者可全方位的掌握我國應用生技產業的趨勢脈動；此外，更進一步針對再生醫療、生技製藥服務業、食品生技、農業生技及生技特化等次產業，深入分析上述我國之應用生技產業發展現況與重要趨勢，從產業環境、政策／法規、市場、廠商、產品／服務等不同面向，探討我國應用生技產業的未來發展方向。
「未來展望篇」則是因應全球發展趨勢，透過全球及國內應用生技產業發展現況及趨勢變化的綜覽，分別深入研究與剖析外部環境如政策／法規、經濟、科技、社會等不同面向對我國再生醫療、生技製藥服務業、食品生技、農業生技、生技特用化學品等次產業之的影響，同時預估我國整體應用生技產業及各次產業之未來市場成長性，點出應用生技整體及各次產業的商機、機會與挑戰，提出我國應用生技產業及各次產業未來之發展方向與建議，提供我國產官學研各界參考。